苏州高新技术产业开发区综合保税区位于苏州高新区的北端，于2010年8月10日经国务院批准设立，2010年11月4日通过国家十部委联合验收，实现封关运作。苏州高新技术产业开发区综合保税区，由原苏州高新区出口加工区（2003年3月批准设立）和苏州高新区保税物流中心（B型）（2005年8月批准设立）整合形成，是以“信息化围网”手段进行监管的综合保税区。
苏州高新技术产业开发区综合保税区按照功能划分为：口岸作业区、保税物流区、保税加工区、配套工业园。
1、口岸作业区: 口岸作业区面积0.29平方公里，是整个高新区进出口货物通关和检验检疫的唯一场所，可用于保税货物、一般监管货物、特殊区域间货物及国际快件货物的转关通关
2、保税物流区: 保税物流区面积0.52平方公里，区内重点发展保税仓储业务、国际分拨配送业务及国际贸易，主要用于存储电子元器件，汽车零部件、光伏设备、医疗器械，以及进口食品、酒类等货种。
3、保税加工区: 保税加工区面积2.7平方公里，区内重点发展保税加工、检测维修等业务，主要用于加工贸易生产企业的入驻。
4、配套工业园: 配套工业园面积0.59平方公里，利用紧邻综保区的区位优势，为综保区做好生产配套服务，为区内企业开展研发、检测、维修等功能拓展业务和委内加工业务提供载体支持。
本着高效精简、机制创新的原则，设立苏州高新技术产业开发区综合保税区管理办公室，具体负责苏州高新技术产业开发区综合保税区的开发建设的各项工作，下设行政管理部、计划财务部、经济发展部、开发建设部、综合管理部5个工作部门。为了更好的推进综保区的开发建设，设立苏州高新区出口加工区投资开发有限公司、苏州高新区保税物流中心有限公司，负责综保区的土地开发、基础设施建设、标准厂房仓库租赁、物流仓储经营等事宜。