综合保税区是我国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域之一。综合保税区实行封闭管理，国外货物入区保税；国内货物进入综保区，视同出口，实行退税；货物出综保区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。同时，检验检疫、外经贸、外汇等部门也对综保区实行相对优惠的政策。太仓港综保区享有国家赋予的在税收、通关、检验检疫、外汇管理等方面的特殊政策，是目前国内除上海自贸区外开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全的特殊监管区域。通过国家验收后，太仓港综保区将成为太仓推进区港融合、发展物贸经济、承接上海自贸区“溢出效应”的重要载体。