国务院以国函[2015]13号文件正式批复同意镇江出口加工区升级为综合保税区。根据国务院批复文件要求，此次获批保税区规划面积和四至范围与原出口加工区一致，封关验收后，不再保留原出口加工区。综合保税区的功能和有关税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》（[2005]54号）的有关规定执行。这将为全市经济转型升级和对外开放合作注入新的推动力。
作为镇江发展外向型经济的重要平台，近年来镇江出口加工区以创建综合保税区为契机，不断加快项目招引建设，奋力构筑高端入区、周边配套、辐射带动、科学发展的新优势，初步形成了食品冷链物流、保税物流、新材料、电子信息四大产业集聚发展的态势。2014年完成进出口额3.53亿美元，增长85%，保税物流业务完成5.9亿美元，增长43%，完成固定资产投资6.5亿元，增长30%。
镇江出口加工区升格为综合保税区，有利于充分发挥海关特殊监管区域统筹两个市场、两种资源的作用，进一步增强保税加工、保税物流、保税服务等核心功能,有力推动加工贸易转型升级，带动产业结构优化，提升对外开放能级，支撑区域经济发展。市委市政府对此高度重视，主要领导亲自推进，分管领导挂帅出征，市商务局、发改委、海关、检验检疫局、国土局等十部门紧密配合，通力协作，新区党工委、管委会多次研究部署、全程跟踪推进。2014年3月，申报工作组根据《国务院关于促进海关特殊监管区域科学发展的指导意见》，认真研究政策，全面梳理情况、理清申报思路、整合资源优势、突破申报瓶颈，同年7月，省政府向国务院上报了镇江出口加工区原址升级综保区的请示，9月，海关总署正式启动审批程序，2015年1月国家十部委会签文呈报国务院。
镇江出口加工区有关负责人介绍说，综合保税区是国内开放层次更高、优惠政策更多、功能更齐全、通关更便捷的“特区”。镇江综保区获批后，将抢抓长江经济带、苏南国家自主创新示范区建设等战略机遇，与中瑞生态产业园、中意农业创新示范园等开放平台互动叠加，融合发展，突出“转型升级、创新发展”的主题，实施保税展示、委内加工、返区维修、跨境电子商务等创新试点，发展国际中转、国际采购、分拨配送等业务，拓展国内集拼、配件组装、贴牌封箱等增值业务，培育打造四大中心，即进口商品展示交易中心、出口产品加工贸易中心、保税仓储物流集散中心、研发检测维修服务中心。
同时，试行关检合作“三个一”通关模式（一次申报、一次查验、一次放行）和“三互”机制（信息互换、监管互认、执法互助），提升通关效率。通过加强资源整合、深化协同融合、争取先行先试、强化科学运作，逐步复制上海自贸区改革经验和创新制度，着力构建转型发展的升级版、开放合作的先导区、港产城融合发展的核心区。